江西鄱阳湖南矶湿地国家级自然保护区管理局是由南昌市人民政府设立、隶属于南昌市林业局的副县级全额拨款事业单位，编制24人，内设4科3站，实行“管理局、保护站”两级管理。

保护区成立于1997年，2003年至2004年开展了综合科学考察，2008年1月经国务院办公厅批准为国家级自然保护区，成为鄱阳湖第二处国家级自然保护区，也是江西省面积最大的湿地自然保护区(333平方公里)。